ポケモン図鑑が６０匹以上いることを確認して、
オーキド博士と研究所で会い、全国図鑑にバージョンアップする。

サント・アンヌ号の手前まで行くと、途中でマサキと会うので勝負する。

１のしまでは、マサキと一緒に自動的にポケモンセンターに入る。
ニシキに２のしままでおつかいを頼まれる。

ゲームコーナーに行き、マヨの父親と会う。
３のしまにマヨの生存確認に行くよう頼まれる。

暴走族と勝負する。

マヨを見つける。２のしまのゲームコーナーに自動的に戻る。
ゲームコーナーでマヨの父親におつかいのアイテムを渡す。

１のしまの下のたからのはまに行き、ポケモンじいさんの研究室でポケモンじいさんからポケモンのタマゴをもらう。
１のしまのポケモンセンターに行き、マサキに話しかけて自動的にクチバシティに戻る。
マサラタウンで、オーキド博士に話しかけてポケモンのタマゴを渡す。

１のしまのポケモンセンターに行き、ニシキに話しかけて金銀の御三家のいずれかの一匹を選ぶ。
１のしまの上のほてりのみちに行き、奥まで進むとともしびやまに出る。
ともしびやまの洞窟に入り、最深部でルビーを手に入れる。
１のしまのポケモンセンターに戻り、ニシキに話しかけるとナナシマのいくつかの新しいマップに行けるようになる。

４のしまの右上のあたりにいてだきのどうくつの入り口があるので、そこから洞窟に入り、ロケット団とカイトに出会う。
それぞれ一対一でロケット団と勝負。
６のしまの上のみずのさんぽみちに行き、奥のはずれのしままで行く。島の上に青年が立っているので、そこでゴーグルをもらう。

５のしまの上のリゾートすいどうに行き、その先のゴージャスリゾートまで行くといわのほらあながあるので、その中でカイトと勝負。
そのあと、いせきのたにに行きてんのあなの入り口を調べると、点字が出てくるのでそれをヒントにてんのあなに入る。
てんのあなでは、特定の順番で穴に落ちるとサファイアが置いてある部屋に行くことができる。順番はファイアレッドと同じ。
そのあと、５のしまの右のあきちに行き、ロケット団倉庫を攻略する。

１のしまに戻り、ニシキにサファイアを渡す。
ハナダの洞窟に行き、そこでしばらく探索していると、オツキミ山のふもとに出るので、そこでライトと勝負する。
そのあと、ロケット団倉庫で、研究員に話しかける。すると、ロケット団倉庫から出ようとしたときにサカキと勝負。

７のしまの上のゲートで、警備員と話してから７のしまに戻ると、アカネに話しかけられる。
そのあと、マサラタウンに行きミドリと話し、勝負する。勝つと会員証がもらえる。
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