今度はゲームを立ち上げてコントローラの設定をします。
まず
[Alt]もしくは
[F10]を押してメニューバーを表示します。
{Options}-{Device Settings}を開きます。
Keyboard only(Simple)を選択してNext をクリックします。

設定例です。自分の好きなように設定してください。移動にはカーソルキーを割り当てており、それぞれ UP, DOWN, LEFT, RIGHT と設定します。
他のボタンはボックスをクリックしてパッドのボタンを押すとそれに対応したキーに切り替えられます。
Next をクリックし、OK で設定を終了します。あとは正しく操作できるか確認してください。
この他にもJoyToKeyなどといったソフトも知られています。自分の環境に適したものを探してください。